哈尔滨医科大学生物信息科技学院的李霞教授研究团队利用TCGA数据库,收集和整合胶质瘤病例,研究胶质瘤进展过程中突变克隆的性别差异,强调性别因素在胶质瘤治疗中的重要作用,论文发表于2019年2月的《Neuro-Oncology》杂志。
——摘自文章章节
研究背景
研究方法
作者利用数据库中基于高通量的新一代测序突变基因拷贝数,计算每个体细胞突变的不同等位基因频率(variant allele frequency,VAF),并用基因组学数据估算肿瘤纯度值(p)和所有等位基因的平均拷贝数(n),进而通过处理器计算癌细胞分数(cancer cell fraction,CCF)。作者共推算约600例胶质瘤患者的突变克隆状态和时间,并分析克隆进展过程中的性别差异。
研究结果
研究结果显示,胶质瘤女性患者总体和亚克隆突变负荷较高,该现象可由X染色体突变解释。作者检测克隆性别差异的癌基因,如CDH18和ATRX,并发现在多数胶质瘤亚型中,女性亚克隆突变负荷高于男性。但某些亚型,如IDH突变和1p/19q共缺失的LGG中,呈现几种完全不同的驱动基因突变,如TP53。另外,研究者发现,临床可靶向的基因突变,如MAPK和RTK信号通路基因突变的克隆状态在性别间也存在差异。
结论
最后作者指出,在胶质瘤进展过程中存在突变克隆的性别差异;因此临床上胶质瘤治疗考虑性别的重要因素,具有一定的指导意义。