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弥漫性胶质瘤进展过程中突变克隆的性别差异

2021-02-22 朱磊 花玮

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弥漫性胶质瘤包括低级别胶质瘤和胶质母细胞瘤。

哈尔滨医科大学生物信息科技学院的李霞教授研究团队利用TCGA数据库,收集和整合胶质瘤病例,研究胶质瘤进展过程中突变克隆的性别差异,强调性别因素在胶质瘤治疗中的重要作用,论文发表于2019年2月的《Neuro-Oncology》杂志。


——摘自文章章节


【Ref: Zhang H, et al. Neuro Oncol. 2019 Feb 14;21(2):201-213. doi: 10.1093/neuonc/noy154.】


研究背景



弥漫性胶质瘤包括低级别胶质瘤(low-grade glioma,LGG)和胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)。流行病学调查显示,胶质瘤的发病率和死亡率女性比男性高。两性别间的某些基因,如RB基因激活的差异,可能是男女性患胶质瘤风险不同的主要原因。目前尚无研究调查性别差异与胶质瘤克隆进展之间的关系。哈尔滨医科大学生物信息科技学院的李霞教授研究团队利用TCGA数据库,收集和整合胶质瘤病例,研究胶质瘤进展过程中突变克隆的性别差异,强调性别因素在胶质瘤治疗中的重要作用,论文发表于2019年2月的《Neuro-Oncology》杂志。

研究方法



作者利用数据库中基于高通量的新一代测序突变基因拷贝数,计算每个体细胞突变的不同等位基因频率(variant allele frequency,VAF),并用基因组学数据估算肿瘤纯度值(p)和所有等位基因的平均拷贝数(n),进而通过处理器计算癌细胞分数(cancer cell fraction,CCF)。作者共推算约600例胶质瘤患者的突变克隆状态和时间,并分析克隆进展过程中的性别差异。


研究结果



研究结果显示,胶质瘤女性患者总体和亚克隆突变负荷较高,该现象可由X染色体突变解释。作者检测克隆性别差异的癌基因,如CDH18和ATRX,并发现在多数胶质瘤亚型中,女性亚克隆突变负荷高于男性。但某些亚型,如IDH突变和1p/19q共缺失的LGG中,呈现几种完全不同的驱动基因突变,如TP53。另外,研究者发现,临床可靶向的基因突变,如MAPK和RTK信号通路基因突变的克隆状态在性别间也存在差异。


结论



最后作者指出,在胶质瘤进展过程中存在突变克隆的性别差异;因此临床上胶质瘤治疗考虑性别的重要因素,具有一定的指导意义。


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